羊肚菌是子囊菌中最著名的美味食菌，其菌盖部分含有异亮氨酸、亮氨酸、赖氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸、苏氨酸和缬氨酸7种人体必需的氨基酸。羊肚菌的营养相当丰富，据测定，羊肚菌含粗蛋白20%、粗脂肪26%、碳水化合物38.1%，还含有多种氨基酸，特别是谷氨酸含量高达1.76 %。因此，有人认为是“十分好的蛋白质来源”，并有“素中之荤”的美称。人体中的蛋白质是由20种氨基酸搭配而组成的，而羊肚菌就含有18种，其中8种氨基酸是人体不能制造的，但在人体营养上显得格外重要，所以被称之为“必需氨基酸”。

另外，据测定羊肚菌至少含有8种维生素：维生素B1、维生素B2、维生素B12、烟酸、泛酸、吡哕醇、生物素、叶酸等。羊肚菌的营养成份，可与牛乳、肉和鱼粉相当。因此，国际上常称它为“健康食品”之一 。

羊肚菌所含丰富的硒是人体红细胞谷胱甘肽过氧化酶的组成成分，另方面能加强维生素E的抗氧化作用。